Η καταγωγή του χάνεται στα βάθη των αιώνων, στους προελληνικούς πολιτισμούς της Άπω Ανατολής και της Εγγύς Ανατολής, της Αφρικής, της αρχαίας Ελλάδας (υπήρχε το αντίστοιχο αρχαιοελληνικό όργανο γνωστό κι ως “Πανδουρίδιον” ή αλλιώς “τρίχορδο” επειδή είχε τρεις χορδές), για να περάσει αργότερα στο Βυζάντιο. Σήμερα χρησιμοποιούνται μονάχα δύο είδη: το μπουζούκι και ο μπαγλαμάς, μικρότερο όργανο με χαρακτηριστικό μεταλλικό ήχο.
Από το τέλος του 19ου αιώνα το μπουζούκι άρχισε να εξαφανίζεται σταδιακά από την ελληνική δημοτική μουσική και, όταν σχηματίσθηκαν τα δύο βασικά ορχηστικά σχήματα, η κομπανία στην στεριανή Ελλάδα (κλαρίνο, βιολί, λαγούτο, σαντούρι) και η ζυγιά στα νησιά (βιολί-λαούτο ή βιολί-λύρα), το μπουζούκι έμεινε εκτός. Από εδώ και πέρα όμως ξεκίνησε μια νέα ακμή. Στο 2ο μισό του 19ου αιώνα ανιχνεύονται οι ρίζες του ρεμπέτικου τραγουδιού, το οποίο άρχισε να αποδίδεται με τη συνοδεία μπουζουκιού, αλλά όχι αποκλειστικά, όπως έγινε αργότερα. Στα 1935 σχηματίσθηκε η πρώτη επαγγελματική ρεμπέτικη κομπανία (το συνηθισμένο σχήμα με δύο μπουζούκια, μια κιθάρα κι ένα μπαγλαμά ή και παραλλαγές). Στην κομπανία συμμετείχαν ο Μάρκος Βαμβακάρης,που έπαιζε μπουζούκι και τραγουδούσε, ο Στράτος Παγιουμτζής που τραγουδούσε κυρίως, οΑνέστης Δελιάς που έπαιζε μπουζούκια, κιθάρα και τραγουδούσε, και ο Γιώργος Μπάτης που έπαιζε μπαγλαμά και τραγουδούσε. Το ρεμπέτικο, αυτό το μουσικό είδος ταυτίσθηκε με το μπουζούκι και το όργανο αυτό τελειοποιήθηκε και αξιοποιήθηκε στα χέρια μεγάλων εκτελεστών ανάμεσα στους οποίους ήταν οι Βαμβακάρης, Τσιτσάνης, Παπαϊωάννου, Χιώτης, Μητσάκης και πολλοί άλλοι. Η μεγάλη αλλαγή στην τεχνική του μπουζουκιού έγινε από τον Μανώλη Χιώτη, που εισήγαγε το τετράχορδο μπουζούκι με το σύγχρονο κούρδισμα, στη δισκογραφία και στο πάλκο τη δεκαετία του 1950. Το τετράχορδο, ως πιο πολυφωνικό, δίνει τη δυνατότητα για περισσότερες και πιο πλούσιες συγχορδίες ενώ, επειδή έχει περισσότερες χορδές, διευκολύνει τον εκτελεστή να παίζει τις κλίμακες κάνοντας μικρότερες διαδρομές στην ταστιέρα με τα δάχτυλα του αριστερού χεριού.
Από την δεκαετία του ’70 και μετά, το μπουζούκι έχει καθιερωθεί ως το δημοφιλέστερο όργανο στην Ελλάδα.